提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
苏贞昌正式率“内阁”总辞 新旧“内阁”31日交接******
中新网1月30日电 据台湾“中央社”报道,台当局行政机构负责人苏贞昌今日(30日)主持行政团队临时会,会中通过“内阁”总辞案,随后全员循惯例拍摄大合照。台当局新行政团队负责人陈建仁29日已公布第三波“内阁”名单,苏贞昌今天率“内阁”总辞后,新旧“内阁”交接安排在31日。
苏贞昌。图片来源:台湾联合新闻网台湾地区领导人蔡英文27日举行记者会,宣布台湾地区前副领导人陈建仁将任新行政团队负责人,陈建仁随后展开征询事务。
陈建仁当天晚间便公布首波人事名单,行政团队副负责人为郑文灿、秘书长由李孟谚留任、政务副秘书长何佩珊续留、发言人为陈宗彦。另外,8名政务委员部分全数留任。
各部门负责人方面,有经济事务主管部门负责人王美花、劳动事务主管部门负责人许铭春、“海委会”新任负责人管碧玲、财政事务主管部门负责人庄翠云等。
征询第二天,陈建仁晚间公布第二波“内阁”成员名单,包括内政事务主管部门负责人林右昌、文化事务主管部门负责人史哲、台北故宫博物院院长萧宗煌、教育事务主管部门负责人潘文忠、法务主管部门负责人蔡清祥、交通事务主管部门负责人王国材、卫生福利主管部门负责人薛瑞元及数位发展事务主管部门负责人唐凤。
蔡英文(中)与苏贞昌(左)及陈建仁合影。图片来源:台湾联合新闻网 潘俊宏 摄此外,陈建仁29日表示,经与蔡英文商讨后,确认外事部门负责人吴钊燮、防务部门负责人邱国正、陆委会负责人邱太三留任。
郑文灿则表示,30日完成所有“阁员”名单确认,各部门副负责人人选也会在30日下午透过记者会完整对外说明。
而对于陈建仁接任台行政机构负责人,不少岛内网友留言表示:“不祈望就没失望”“无需期待”“觉得现在的执政团队,哪位来接任都没用,因为没有一位是专业的,更何况都是为己私利,有哪位真为台湾百姓做事,所以换谁做还是一样无解。”
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